Archer scopre che gli Xindi sono stati manipolati da una cospirazione per distruggere la Terra che avviene 400 anni nel futuro (Azati Prime).

Archer riesce a convincere Degra e la specie arborea della manipolazione a cui sono soggetti gli Xindi (The Forgotten).

La Columbia è ancora in costruzione (E²).

Vengono integrate nell'Enterprise alcune tecnologie aliene che ne migliorano i sistemi, inclusa la propulsione (E²).

Archer presenta le prove della cospirazione al consiglio degli Xindi: gli umanoidi e gli arborei vogliono proseguire la discussione, mentre i rettili e gli insettoidi non considerano nemmeno la possibilità di una cospirazione; gli acquatici hanno bisogno di tempo per prendere una decisione. I costruttori delle sfere, resisi conto della situazione, convincono gli insettoidi e i rettili ad agire in maniera indipendente e a portare a termine il piano contro la Terra (The Council).

Il consiglio degli Xindi è diviso e gli acquatici prendono la stessa posizione degli umanoidi e degli arborei, ma l'ordigno costruito dagli Xindi viene armato e inviato contro la Terra. Sull'Enterprise prende corpo un piano per distruggere la sfera 41, creando una reazione a catena che annienterebbe gli effetti della Distesa Delfica (Countdown).

14 febbraio: l'arma inviata contro la Terra viene distrutta e l'Enterprise riesce a distruggere anche la sfera 41, facendo scomparire la Distesa Delfica (Zero Hour).

17 maggio: T'Pol entra nella Flotta Stellare con il grado di Commander (Borderland).

Giugno: Archer, guidato dal katra di Surak e aiutato da T'Pau e T'Pol riesce a recuperare il Kir'Shara e a consegnarlo alle autorità vulcaniane, interrompendo un attacco dei Vulcaniani contro gli Andoriani voluto da V'Las, in accordo con i Romulani. In seguito a ciò, l'Alto Comando Vulcaniano viene sciolto e la politica vulcaniana nei confronti della Terra cambia radicalmente (The Forge, Awakening, Kir'Shara).