I Maquis vengono completamente annientati e la loro organizzazione si dissolve (Message in a Bottle).

Data Stellare 50098. Interrompendo la tregua, le forze dell'Impero Klingon attaccano la Farragut nell'Ammasso Lembatta e tentano di eliminare con la forza l'installazione federale su Ajilon Prime, pianeta che i Klingon giudicano di importanza strategica per il controllo dell'Unione Cardassiana. Dopo aspri combattimenti fra le forze di terra dell'Impero e della Federazione, i Klingon si ritirano. A questa battaglia farà seguito un cessate il fuoco fra le parti (Nor the Battle to the Strong).

Data Stellare 50348. Demmas diventa Autarca di Ilari dopo che Tieran uccide suo padre e viene a sua volta ucciso (Warlord).

Data Stellare 50378. Benjamin Sisko, in qualità di Emissario dei Profeti e di Ufficiale Comandante di Deep Space Nine, chiede che Bajor non venga ammesso nella Federazione (Rapture).

Data Stellare 50384. Janeway e l'equipaggio della Voyager giocano un ruolo fondamentale nel far concludere la guerra civile combattuta nel Q Continuum (The Q and the Grey).

Data Stellare 50564. Un'immensa flotta del Dominio attraversa il wormhole e punta decisa verso Cardassia. Dukat si proclama Governatore dell'Unione Cardassiana e comunica di avere stipulato una alleanza fra il Dominio e Cardassia, con lo scopo di aiutare Cardassia stessa nella guerra contro i Klingon e di rifornire la popolazione civile, oramai allo stremo (By Inferno's Light).

Data Stellare 50732. Kim viene infettato dal retrovirus taresiano durante una missione esplorativa su un pianeta (Favorite Son).

Il governo boliano autorizza la Commissione Ferengi per il Gioco a gestire i loro centri di gioco d'azzardo (Ferengi Love Songs).

Data Stellare 50893. I Borg attaccano per la seconda volta la Terra. Grazie alla maggiore efficacia delle armi della Flotta Stellare il cubo borg viene fermato prima che riesca a colpire la Terra. Dopo una battaglia cruenta, che comprende un tentativo dei Borg di assimilare la Terra prima del Primo Contatto di Zefram Cochrane con i Vulcaniani nel 2063, la minaccia viene sventata e il vascello borg viene distrutto (First Contact).

Data Stellare 50941. Il continuo afflusso di rinforzi ed «aiuti umanitari» dal Dominio verso Cardassia allarma sempre di più la Federazione. Il comandante di Deep Space Nine decide di minare l'accesso al wormhole. Come risposta, una flotta di centinaia di navi del Dominio attacca Deep Space Nine, che deve essere evacuata dal personale federale. L'attacco a Deep Space Nine segna lo scoppio della guerra tra la Federazione ed il Dominio (Call to Arms).

Data Stellare 51001. I Borg rischiano la sconfitta contro la Specie 8472 (Scorpion).

La Flotta Stellare dichiara ufficialmente dispersa la Voyager e il suo equipaggio.