Nel 2373 si trova su Deep Space Nine per negoziare l'ingresso di Bajor nella Federazione.

Quando Benjamin Sisko, dopo le visioni dei Profeti, rivela ai Bajoriani che è ancora troppo presto per unirsi alla Federazione, Whatley è assai adirato e fa notare a Sisko che il suo comportamento gli sarebbe potuto costare il comando della stazione, ma decide di rispettare la sua decisione in quanto alta figura spirituale dei bajoriani.